重庆大学南京研究院（简称“南京研究院”）是在南京市人民政府与重庆大学共建框架协议下，由重庆大学和南京浦口区人民政府共同举办的独立法人事业单位，作为校地合作的重要载体，以推动长江经济带城市协同联动发展，助推重庆大学建设中国特色、世界一流大学为目标，致力于打造高质量、高标准、高水平的重庆大学创新平台。

南京研究院秉持“校地融合、开放共享、协同创新”发展理念，集校地优势资源整合、战略性新兴技术研发、产业高端人才培养、前沿科技成果转化、高科技企业孵化为一体，主要定位于“技术研发——推出自主创新的应用成果”“成果转化——加速科技成果产业化”“企业孵化——孵化高新技术”“人才培养——培养高技能人才”四个方面,构建具有战略性和可持续发展性的创新型校企(地)合作模式。

重庆大学南京研究院以新型工业化为核心，重点围绕软件和信息服务、新能源汽车、新医药与生命健康、人工智能、智能电网、轨道交通、智能制造装备南京市八大产业链，通过在校内遴选顶尖创新团队为依托，吸引并培养一批国内外领军科学家和优秀青年人才，组建若干研发中心和创新团队，开展新型工业化关键核心技术创新研究、高水平创新创业人才培养、重大科技成果转化及产业化和国际科技合作交流，打造成包含四大功能、四大平台、四类团队、四类人才的科技创新基地。